干细胞治疗对许多难治性疾病，如糖尿病、多发性硬化症、自闭症和帕金森病等，已经显示出显著的疗效。干细胞可以通过消除疾病的根源来减轻症状，甚至完全治愈，这在大多数情况下尤其适用于自身免疫性疾病和组织损伤相关的疾病。

干细胞治疗提高在各种疾病治疗上的效果。对某些病例仅应用干细胞可能不足够，细胞疗法在与其他治疗方法结合使用时效果更佳，有助于降低炎症、恢复活动能力并激活组织修复过程。